在生长繁殖过程中，微生物还可以抑制各种土壤疾病的发生和发展，对根结线虫病也有很强的抑制作用。微生物菌肥是一种无毒、经济、环保的新型肥料，值得在生产中推广应用。合理施用微生物菌肥时，应注意以下几点：1.选择含菌量高的证件齐全的产品。2.微生物菌肥营养含量低，需要与其他肥料混合使用。施用微生物菌肥时，由于微生物菌肥中的微生物具有固氮、解磷、解钾、抑菌、活化土壤、提高营养利用率的作用，施用此类肥料后可适当减少化肥的用量。3.微生物菌肥中的微生物需要在含水合适的土壤中生长繁殖，因此土壤湿度不能太干太湿。4.微生物菌肥不能与杀菌剂一起使用。5.无论是基肥还是追肥，微生物菌肥都不能暴露在土壤表面。