微生物菌肥的作用主要取决于大量有益微生物的生命活动。只有在这些有益微生物繁殖代谢旺盛的情况下,才能不断形成物质转化代谢产物。与其他肥料不同,微生物以氮、磷、钾等主要元素的形式和数量为基础。由于微生物肥料是一种活化剂,其肥效与活化剂的数量、强度和周围环境条件密切相关,包括温度、水分、pH值、营养条件和土壤排斥在土壤中的一定影响,因此在使用时应注意。选择合格的微生物肥料,不能使用低质量,有效细菌数量不能达到规定的指标,杂菌含量高或过期产品,尽量减少肥料中微生物的死亡,应避免阳光直射,混合在阴凉处,立即播种,立即覆盖土壤,一般细菌肥料不得与有害农药、化肥混合。施用酸性土壤时,施用前应中和土壤酸度。